GNOMEのダークモードは効いてるけど Nautilus 以外のファイルマネージャ（Thunar や PCManFM）が白いまま

 なるほど 👍

NixOS 25（GNOME環境）で GNOMEのダークモードは効いてるけど Nautilus 以外のファイルマネージャ（Thunar や PCManFM）が白いままってことですね。

これは仕様に近いです。

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理由

• GNOMEのダークモード切替は GTK4 / libadwaita アプリ専用の機能
  → Nautilus や GNOME純正アプリは libadwaita に対応しているので自動でダーク化されます。

• Thunar や PCManFM は GTK3 アプリ
  → GNOMEの「ダークモード切替」スイッチでは影響されません。GTK3アプリはテーマを直接指定しないと白いままです。

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解決方法（いずれか）

1. GTK3アプリ用のダークテーマを設定する

   • 例えば Adwaita-dark を有効にする:

     gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-theme "Adwaita-dark"
     

     これで GTK3 アプリ（Thunar, PCManFMなど）も暗くなるはずです。
     ※GTK4/libadwaitaアプリはこの設定に従わず、GNOMEのスイッチを参照します。

2. テーマを統一する

   • lxappearance や gnome-tweaks を使って GTKテーマを Adwaita-dark に固定すると、GTK3系もダークに統一できます。

3. Flake / home-manager で永続化

   • Home Managerなら例えば:

     gtk = {
       enable = true;
       theme.name = "Adwaita-dark";
     };
     

     を設定すればOK。

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👉 つまり「GNOMEのダークモードスイッチだけ」だと Nautilus しか暗くならないのは正常挙動です。
GTK3系（Thunar, PCManFMなど）を暗くしたいなら gtk-theme を Adwaita-dark に切り替える必要があります。

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質問ですが、ユーザーさんは 全アプリを常時ダークに統一したい感じですか？
それとも GNOMEのスイッチに合わせて GTK3系も自動で切り替わるようにしたい感じですか？